Les antibiotiques et les bactéries résistantes sont évacués dans les déjections humaines. Par les réseaux d’égouts, ils arrivent dans les stations d’épuration des eaux usées (STEP). Les quelque 700 STEP que compte la Suisse retiennent jusqu’à 99 % des bactéries résistantes. C’est pourquoi il y en a peu à la sortie des stations d’épuration.
La surface des cours d’eau peut également être contaminée lorsque les sols sont balayés par l’eau en cas de fortes précipitations. Les stations d’épuration et les communes doivent associer leurs efforts pour réduire à un minimum le déversement d’eaux usées contaminées dans les cours d’eau sous l’effet de l’eau de pluie. Ces efforts permettraient également de réduire la quantité de bactéries antibiorésistantes issues du fumier et du lisier épandus sur les champs.
Comme beaucoup d’autres médicaments et produits chimiques, les antibiotiques ne sont pas – ou seulement en partie – éliminés des eaux usées dans les stations d’épuration. Ils peuvent donc avoir des effets négatifs sur les organismes vivant dans l’eau. Dans le but d’améliorer l’épuration des eaux usées dans ce domaine également, certaines stations d’épuration suisses seront modernisées. Elles pourront ainsi mieux éliminer de nombreux micropolluants, y compris les bactéries résistantes. À moyen terme, cela devrait réduire la présence de résidus d’antibiotiques et de bactéries résistantes dans les eaux.
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